La exploracion del sur del continente
Squier había escuchado hablar de las piedras antiguas de la isla de Pensacola, "a un disparo de cañón del viejo castillo de Granada", y a fines de diciembre de 1849 encabezó una expedición a la zona (Travels in Central America, particularly in Nicaragua ... ). En Pensacola descubrió un grupo de grandes monumentos de piedra, y después exploró otras islas desiertas del litoral.
En la isla de Zapatero, Squier y sus ayudantes nicaragüenses encontraron lo que su guía había llamado "el círculo de frailes" En el círculo había un monolito de piedra tallada sobre un pedestal de piedra de casi tres metros de altura.
También despertó su interés un ídolo de piedra más pequeño venerado por los primitivos moradores de la región. Como algunos frailes católicos habían amenazado con quitárselo a los idólatras y arrojarlo al lago, Squier decidió rescatarlo de la destrucción cierta. En 1850 envió a Washington cinco piedras de dimensiones monumentales en un buque de vela que dio la vuelta al Cabo de Hornos. El Secretario Joseph Henry, disgustado por "la tarifa desmesurada de 192.50 dólares", convenció a un tal Señor B. Blanco (el fletador) para que no cobrara el flete.
Esa misma década, varios navegantes se aventuraron por los ríos del sur del continente. El alférez de navío J. M. Gillis, de la Marina de Estados Unidos, ayudó al gobierno de Chile a instalar un observatorio nacional permanente en Santiago, donde recogió muestras de vertebrados y minerales. En el istmo de Darién, el alférez de navío Nathaniel Michler, otro oficial de la Marina, recogió muestras de interés para la historia natural mientras estudiaba la posibilidad de construir un canal. El capitán Thomas J. Page encabezó una expedición por el río Paraná en un buque a vapor, de la cual volvió con semillas y plantas de gran valor.
En 1851 se le encomendó al alférez de navío William Lewis Herndon que explorara el Amazonas y sus afluentes para determinar si eran aptos para la navegación de buques a vapor, que podía promover el comercio a lo largo de los ríos interiores. Herndon y el alférez de navío Lardner Gibbon dividieron la expedición en dos partes: Herndon se ocupó de explorar el nacimiento y el curso principal del gran río y Gibbon siguió los afluentes bolivianos, bajando por el río Madeira hasta el Amazonas. Recolectaron animales, pájaros y objetos de interés etnográfico que representaban las manifestaciones materiales de la cultura de la región. En su obra de dos tomos, Exploration of the Valley of the Amazon, Herndon describe la fabricación de zapatos de goma y figurillas de animales, que se hacían sumergiendo repetidamente un centro en goma líquida y decorando la superficie con alambre recalentado. Las vasijas de calabaza exquisitamente decoradas y la hamaca de fibra de palmera que forman parte de la exposición probablemente hayan sido recogidas por Gibbon. Todas estas piezas fueron transferidas a la Institución Smithsonian en 1858.
